2001년 ‘브라운 아이즈’ 1집 <벌써 일년>, 2002년 ‘브라운 아이즈’ 2집 <점점>, 2004년 윤건 솔로 1집 <어쩌다>, 2004년 윤건 솔로 2집 <헤어지자고>, 2007년 윤건 솔로 3집 <설마>, 2008년 ‘브라운 아이즈’ 3집 <가지마 가지마> 등을 발표했다. 2005년 일본에서 싱글 앨범 <코이오 스루노 나라>를 발표해 한류의 한 축을 담당했다.
2009년 MBC FM 라디오 <꿈꾸는 라디오, 윤건입니다>를 진행하기도 했다. 시트콤 <하이킥! 짧은 다리의 역습>에서는 런던 빈티지시장에 가서 옷을 살 만큼 튀는 패션 감각의 음악선생으로 등장해 또 다른 매력을 보여주었고, 오디션 프로그램 <슈퍼스타K 4>에서는 심사위원으로 활약했다.
청와대와 경복궁 사이 효자동에 자리한 그의 작업실 겸 카페 ‘마르코의 다락방’은 동네의 명물로 자리잡았다. 오늘도 그는 자신의 아지트에서 지나온 시간 속 소소한 기억을 떠올리며 음악적 영감을 가다듬고 있을 것이다.